檢察機關刑事立案的程序是：

1、由承辦案件的人員制作《立案請示報告》；

2、經部門負責人或者主辦檢察官審查；再次，由部門負責組織討論同意；

3、由部門負責人或主辦檢察官報請檢察長批準。重大、復雜或者疑難的案件，還要由檢察長提請檢察委員會討論決定。經過批準或決定以后，由承辦人填寫《立案決定書》，人民檢察院據此正式對案件展開偵查。《立案決定書》要載明犯罪嫌疑人的姓名、涉嫌的罪名、立案的法律依據、立案的機關、立案的時間等內容，立案決定書上要有檢察長簽字印章。

為了加強對檢察權的監督制約，最高人民檢察院檢察委員會第十屆第三十九次會議于２００５年９月２３日通過了《人民檢察院直接受理偵查案件立案、逮捕實行備案審查的規定（試行）》和《關于省級以下人民檢察院對直接受理偵查案件作撤銷案件、不起訴決定報上一級人民檢察院批準的規定（試行）》。規定省級以下（含省級）人民檢察院辦理直接受理偵查案件，決定立案、逮捕的，應當報上一級人民檢察院備案審查；省級以下（含省級）人民檢察院辦理直接受理偵查的案件，擬作撤銷案件、不起訴決定的，在履行了人民監督員監督程序后，報請上一級人民檢察院批準。

為了貫徹落實《中華人民共和國全國人民代表大會和地方各級人民代表大會代表法》對人民代表大會代表執行職務司法保障的規定，最高人民檢察院對依法決定對人民代表立案的程序作了特殊規定：１．對擔任本級人大代表的犯罪嫌疑人立案，直接向本級人大主席團或常委會通報情況。２．對擔任上級人大代表的犯罪嫌疑人立案，向該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。３．對擔任下級人大代表的犯罪嫌疑人立案，可以直接向該代表所屬的人大主席團或常委會通報情況，也可以委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況；對擔任鄉、民族鄉、鎮的人大代表的犯罪嫌疑人立案，由縣級檢察院報告鄉、民族鄉、鎮的人民代表大會。對擔任兩級以上人大代表的犯罪嫌疑人立案，分別按照上述方式通報情況。４．對擔任辦案單位所在省、市、縣（區）以外的其他地區人大代表的犯罪嫌疑人立案，應當委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。擔任兩級以上人大代表的，應當分別委托該代表所屬的人大同級的檢察院通報情況。

刑事案立案規定：

人民法院、人民檢察院或者公安機關對于報案、控告、舉報和自首的材料，應當按照管轄范圍，迅速進行審查，認為有犯罪事實需要追究刑事責任的時候，應當立案；認為沒有犯罪事實，或者犯罪事實顯著輕微，不需要追究刑事責任的時候，不予立案，并且將不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申請復議。